Op het einde van de 11 de eeuw werd dicht tegen de Schelde een kerkje gebouwd. De eerste vermelding van de kerk van Grembergen vinden we in een document van 20 april 1194 waarin bisschop Stephanus van Doornik de schenking van Zele aan de Sint-Baafsabdij te Gent ongedaan maakt en de vroegere eigenaar, de abdij van Werden, als eigenaar herbevestigt.

In 1710 werd dan de huidige Sint-Margarethakerk gebouwd.